Du ventre aux mitochondries, avec quelques virus dans la danse !

Et si nous n’étions jamais seuls ?

Nous aimons penser que nous sommes des individus autonomes, libres et rationnels. Mauvaise nouvelle (ou excellente, selon le point de vue) : nous sommes surtout un écosystème ambulant.

À l’intérieur de notre tube digestif vit une foule discrète mais influente : de bactéries, de levures, de champignons et même des virus. Tous travaillent, négocient, coopèrent, parfois se disputent, afin de maintenir l’équilibre de notre organisme.

Le microbiote intestinal, longtemps appelé « flore intestinale » (alors qu’il ne s’agit pas de plantes), est aujourd’hui reconnu comme un organe à part entière, aussi stratégique que le foie ou le cerveau. Et comme tout organe vivant, il dialogue avec nos cellules, notre immunité, notre cerveau… et jusqu’à nos mitochondries, ces centrales énergétiques nichées au cœur de nos cellules.

Bienvenue dans le monde du dedans !

1.  Un peu d’histoire

De l’invisible à l’incontournable.

Pendant des siècles, le contenu de l’intestin fut un angle mort de la médecine. Trop sombre, trop complexe, trop… malodorant.

Il faut attendre :

• Les années 1940 pour apprendre à cultiver des bactéries anaérobies strictes (merci Robert Hungate),
• Les années 1990–2000 pour que le séquençage ADN révèle que nous hébergeons des milliers d’espèces microbiennes,
• Les années 2010 pour comprendre que le génome du microbiote (le microbiome) dépasse largement celui de l’humain.
• Aujourd’hui, des projets de grande ampleur, comme les cartographies nationales du microbiote, confirment une idée clé : chaque individu possède une empreinte microbiotique unique, aussi personnelle qu’une empreinte digitale.

2.   Le tube digestif

Plus qu’un tuyau, une forteresse vivante !

Le tube digestif n’est pas un simple convoyeur d’aliments.

C’est :

• une surface d’échange gigantesque (jusqu’à 1000 m²),
• la première barrière immunitaire de l’organisme (environ 70–80 % des cellules immunitaires),
• un tissu en renouvellement permanent (tous les 2 à 3 jours),
• un poste de contrôle entre le monde extérieur et notre monde intérieur.

Il doit à la fois laisser passer les bons nutriments et bloquer les indésirables. Pour cette mission délicate, il ne travaille jamais seul : le microbiote est son principal allié.

3.  Le microbiote intestinal

     a) Qui sont les colocataires ?

Le microbiote intestinal regroupe l’ensemble des micro‑organismes vivant dans l’intestin :

• 🦠 bactéries (les plus nombreuses),
• 🍄 levures et champignons,
• 🧬 virus, majoritairement des bactériophages (virus qui infectent… les bactéries).

On estime que :

• la masse totale du microbiote atteint 1,5 à 2 kg,
• un individu sain héberge en moyenne 150 à 200 espèces dominantes,
• un socle commun d’espèces assure les fonctions vitales (fermentation, protection, signalisation).

Nous sommes donc plus microbiens qu’humains sur le plan génétique. Une pensée à méditer avant de déclarer une guerre totale aux bactéries.

     b) Eubiose, dysbiose : l’art de l’équilibre

Quand tout se passe bien, les différentes populations microbiennes cohabitent harmonieusement : c’est l’eubiose.

Quand l’équilibre se rompt, excès de certaines bactéries, disparition d’autres, perte de diversité, on parle de dysbiose.

Celle‑ci peut favoriser :

• troubles digestifs (ballonnements, douleurs, transit perturbé),
• inflammation chronique de bas grade,
• altération de la barrière intestinale (hyperperméabilité),
• dérégulations métaboliques et immunitaires.

La dysbiose n’est pas une maladie en soi, mais un terrain sur lequel de nombreuses pathologies modernes peuvent s’installer.

     c) Le microbiote, le chef d’orchestre métabolique

Rôle du microbiote intestinal :

• fermente les fibres alimentaires pour produire des acides gras à chaîne courte (butyrate, propionate, acétate),
• participe à la synthèse de certaines vitamines (K, groupe B),
• module l’efficacité et la tolérance de nombreux médicaments,
• influence : le stockage des graisses, la sensibilité à l’insuline et l’inflammation.
• Il fournit environ 10 % de notre énergie quotidienne. Autrement dit : sans lui, nous mangerions plus pour fonctionner moins bien. Mauvais calcul !

     d) Microbiote et mitochondries : dialogue au cœur des cellules

Voici une donnée plus récente et passionnante : les métabolites produits par le microbiote intestinal dialoguent directement avec nos mitochondries.

Les acides gras à chaîne courte, en particulier le butyrate :

• améliorent la fonction mitochondriale,
• optimisent la production d’ATP (énergie cellulaire),
• réduisent le stress oxydatif,
• influencent l’expression de gènes liés à la longévité et à l’inflammation.

On pourrait dire que le microbiote intestinal fournit le carburant et que les mitochondries décident de la performance du moteur.

Avec un mauvais carburant, même le meilleur moteur tousse !

     e) Et les virus dans tout ça ? Le virome intestinal

Longtemps ignorés, les virus du microbiote, principalement les bactériophages, jouent un rôle de régulateurs invisibles.

Ils :

• contrôlent la population bactérienne (éviter les envahisseurs trop zélés),
• favorisent la diversité microbienne,
• participent aux échanges génétiques entre bactéries.

Le virome intestinal semble impliqué dans l’immunité, l’inflammation et possiblement certaines maladies chroniques.

Autrement dit : même les virus ont parfois un CV respectable !

  f) L’intestin, ce deuxième cerveau qui ne dort jamais

L’intestin possède son propre système nerveux,le système nerveux entérique, il est relié au cerveau par le nerf vague.

Quelques chiffres pour impressionner vos convives :

• près de 200 millions de neurones,
• production locale de nombreux neuromédiateurs,
• 90 à 95 % de la sérotonine synthétisée dans l’intestin.

Le microbiote intestinal influence ainsi :

• l’humeur,
• le stress,
• les fonctions cognitives,
• certains comportements alimentaires.

Quand on dit « avoir quelque chose sur l’estomac », ce n’est pas qu’une métaphore !

4. Peut‑on prendre soin de son microbiote ?

Bonne nouvelle : oui 😅

Certains facteurs ne dépendent pas de nous (mode de naissance, génétique, âge).

Mais beaucoup sont modulables :

• mastiquer lentement (acte sous‑estimé, effet majeur),
• consommer quotidiennement fibres et polyphénols,
• privilégier la diversité alimentaire et les produits peu transformés,
• limiter antibiotiques, additifs, édulcorants et pesticides,
• respecter le sommeil, le mouvement et la gestion du stress.

Le microbiote adore la cohérence plus que la perfection !

🧭 En pratique « Ce que je fais dès demain »

Sans chercher la perfection, voici des gestes simples, accessibles et puissants pour soutenir votre microbiote au quotidien :

• Je mange plus lentement : je mastique vraiment, je pose mes couverts, je laisse la digestion commencer dans la bouche.
• Je mets de la couleur dans mon assiette : légumes variés, fruits, herbes, épices… la diversité nourrit la diversité.
• J’ajoute des fibres chaque jour : légumes racines, légumineuses, fruits...
• Je privilégie les bons gras : poissons gras, huiles de qualité, noix...
• Je lis les étiquettes : moins d’additifs, d’édulcorants, de produits ultra‑transformés.
• Je respecte le vivant : produits de saison, si possible biologiques, limitation des pesticides.
• Je prends soin de mon système nerveux : respiration, sommeil, mouvement doux : le microbiote adore le calme
• Je reste critique face aux “solutions miracles” : probiotiques et compléments alimentaires peuvent être utiles, mais jamais sans réflexion ni individualisation. Notre microbiote est unique !

👉 Le microbiote n’aime ni la rigidité ni les injonctions. Il préfère la cohérence, la régularité et la bienveillance.

5.  En conclusion : une vision résolument humaniste

Prendre soin de son microbiote, ce n’est pas chercher la pureté ni la performance absolue. C’est respecter un partenariat ancien de plusieurs millions d’années.

Nous ne sommes pas des machines isolées, mais des êtres relationnels jusque dans nos cellules.

Comprendre et respecter notre écosystème intérieur, c’est peut‑être l’une des clés les plus élégantes d’une médecine du futur : plus préventive, plus intégrative et profondément humaine !

Que votre microbiote vous accompagne longtemps, et avec humour !

Prenez bien soin de vous et de la planète 🌱 : elle est liée à tous vos microbiotes !

✍️ Nathalie Genêt Diététicienne – Nutritionniste à Reims
Approche intégrative, humaniste et fondée sur les données scientifiques

🔬 Références scientifiques

📖 Cryan JF et al. The Microbiota–Gut–Brain Axis. Physiol Rev. 2019

📖 Valdes AM et al. Role of the gut microbiota in nutrition and health. BMJ. 2018

📖 Koh A et al. From dietary fiber to host physiology: SCFA. Cell. 2016

📖 Lynch SV, Pedersen O. The Human Intestinal Microbiome. N Engl J Med. 2016

📖 Shkoporov AN, Hill C. Bacteriophages of the Human Gut. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2019